《神农本草》谓之《本经》，计三百六十五种，以应周天之数。上品一百二十五种为君，无毒。主久服，养命延年，益气轻身，神仙不老。中品一百二十种为臣，或有毒，或无毒。主通调血气，却邪治病。下品一百二十种为佐使，或有毒，或无毒，或大毒。主除寒热邪气，破积聚症瘕，中病即止。夫天地开辟，草木始生。农皇仰观天之六气，俯察地之五行。六气者，厥阴、少阴、太阴、少阳、阳明、太阳，三阴三阳是也。五行者，甲己运土，乙庚运金，丙辛运水，丁壬运木，戊癸运火，五运五行是也。本五运六气之理，辨草木金石虫鱼禽兽之性，而合人之五脏六腑十二经脉，有寒热升降补泻之治。天地万物，不外五行。其初产也，有东南西北中之五方。其生育也，有春夏秋冬长夏之五时。其形有青黄赤白黑之五色，其气有臊焦香腥腐之五臭，其质有酸苦甘辛咸之五味。着为药性，开物成务，传于后世，词古义深，难于窥测。后人纂集药性，不明《本经》，但言某药治某病，某病须某药，不探其原，只言其治，是药用也，非药性也。知其性而用之，则用之有本，神变无方。袭其用而用之，则用之无本，窒碍难通。余故诠释《本经》，阐明药性，端本五运六气之理，解释详备。
俾上古之言，了如指掌。运气之理，炳如日星，为格物致知，三才合一之道。其后人之不经臆说，逐末忘本者，概置勿录。学人能于此会悟之，则神农观天察地穷理尽性之学，庶几近之。后世之书，有涉讹谬者，屏弃勿道，可也。